胃蛋白酶原含有一条多肽链,该肽链有375个氨基酸,其平均分子量为42KDa。胃蛋白酶原I在胃部中的胃粘膜主细胞和颈粘液细胞中合成,胃蛋白酶原II不仅能在胃粘膜主细胞和颈粘液细胞中合成,还能在近端十二指肠腔和十二指肠腺等的干净粘液细胞中合成。临床上,可以通过检测胃蛋白酶原I和胃蛋白酶原II的浓度,诊断严重萎缩性胃炎。萎缩性胃炎和肠化生是胃癌的癌前期病变,因此确诊萎缩性胃炎是诊断早早期胃癌或可治愈的胃癌的有效手段。血清中胃蛋白酶原的测定可作为“血清活组织检测”,诊断是否患有萎缩性胃炎和浅表性胃炎。胃病患者中的血清胃蛋白酶原I水平和胃蛋白酶原I/II的比例都很低。